Low cost, rapito e a un costo al di sotto dei 15 euro. A sviluppare COVseq, in grado riconoscere le varianti del virus SarsCov2, inclusa la Delta, sono stati i ricercatori del Karolinska Institutet di Stoccolma e l’Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e Ospedale Amedeo di Savoia di Torino. I risultati degli esperimenti di validazione della nuova metodica italo-svedese sono pubblicati su Nature Communications.
“Il test scova le nuove varianti in tempo reale, dimezzando i tempi di mappatura genomica oggi necessari e con costi ridotti. Con COVseq “siamo in grado di sequenziare centinaia di campioni virali a settimana a un costo al di sotto di 15 Euro a campione, notevolmente inferiore rispetto a quello delle metodiche attualmente disponibili”, spiega Nicola Crosetto, primo autore della pubblicazione e coordinatore della ricerca.
Come funziona?
“COVseq consente l’analisi genetica in parallelo delle sequenze di più di un campione utilizzando volumi di reazioni molto piccoli, grazie a una particolare apparecchiatura già disponibile anche a Candiolo e una tecnica chiamata multiplex PCR per amplificare l’intero genoma virale. Successivamente ogni campione viene ‘taggato’, cioè contrassegnato con un codice a barre molecolare, un’etichetta che lo distingue da tutti gli altri rendendolo univoco. Ciò rende possibile analizzare in tempi rapidi, e con costi contenuti, tantissime sequenze genomiche”.
Disponibilità del test
L’innovativa metodica italo-svedese “è già pienamente funzionante a Candiolo dove la si sta ulteriormente validando, in parallelo a kit diagnostici approvati dall’Autorità, nell’ambito della sorveglianza genomica del SARS-CoV-2 che l’Istituto di Candiolo effettua settimanalmente per la Regione Piemonte e mensilmente per l’Istituto Superiore di Sanità”, afferma Antonino Sottile, direttore generale dell’Istituto di Candiolo e co-autore dello studio. Grazie a COVseq “Abbiamo ora a disposizione uno strumento efficace e a basso costo per continuare la sorveglianza genomica nei prossimi mesi, cruciali al fine di intercettare tempestivamente la comparsa di nuove varianti virali nella popolazione già vaccinata, soprattutto nei soggetti fragili come i malati oncologici”.
Dall’inizio della pandemia migliaia di sequenze del genoma del virus Sars-CoV-2 responsabile della malattia Covid-19, sono state prodotte in tutto il mondo e messe a disposizione della comunità scientifica tramite la piattaforma Gisaid.
Proprio questo sforzo ha consentito di identificare tempestivamente la comparsa e la diffusione globale di nuove varianti virali dotate di maggiore trasmissibilità e patogenicità, quali le cosiddette varianti inglese, sudafricana, brasiliana e indiana, recentemente ribattezzate rispettivamente Alpha, Beta, Gamma e Delta dall’Organizzazione mondiale della sanità.
Non solo per il Covid-19
Il test sarà utile anche per la mappatura del genoma dei tumori. “Oltre al Coronavirus, il test può essere facilmente adattato al sequenziamento di altri virus di rilevanza epidemiologica, oppure di virus che causano immunodepressione e possibile insorgenza di malattie ematologiche. Inoltre, tale metodica può essere utilizzata per il sequenziamento del Dna delle singole cellule che compongono il tumore per garantire terapie sempre più personalizzate e mirate”, spiega Anna Sapino, Direttore Scientifico Dell’istituto di Candiolo e co-autrice dello studio.
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